Parece que você quer algo parecido com o que está descrito aqui:
Este é um sistema de cotas por usuário para processos (por SID tecnicamente) e deve fazer o que você precisa. Se você tem 10 processos do Minecraft e limita cada um a 9%, você deve ter 10% de CPU disponível para o RDP e afins.
Se você estiver atingindo outros limites de recursos, convém limitar os limites separadamente.