Não. Apenas conectar a unidade ao sistema diferente não deve causar problemas. Se o sistema não reconhecer a unidade, ela poderá solicitar a formatação ou verificação ou reparo (não sei ao certo o que o Mac faz neste caso) e qualquer coisa que ele fizer ENT poderá fazer com que a unidade seja apagada ou não seja legível em um computador Windows .
Mas apenas conectar a unidade e permitir que o sistema acesse os arquivos não deve comprometer de forma alguma a capacidade da unidade de ser lida em um computador Windows.