I want to make sure the new Hard drive will not screw up my Windows Drive letters. I have several programs installed into the HDD, and windows will rely on this continuing to be the D: drive and the 60GB SSD becoming the C: drive after the clone
A primeira coisa que você deve fazer é clonar a unidade. Depois de retirar a unidade antiga e substituí-la pela nova, usando uma nova porta SATA, conecte a unidade antiga nela.
Isso fará com que o seu "novo" drive use a mesma porta, para o windows será exatamente assim, certifique-se de tornar o espaço adicional visível para o Windows ANTES de fazer esta parte.
I want to make Windows the default boot drive, but I want to use Grub (or, more specifically, burg) as the bootloader.
Instale o Linux como faria normalmente no antigo SSD menor, o procedimento de instalação deve lidar com isso. Eu faria uma imagem da unidade principal em seu HDD maior de 500 GB como proteção contra erros bobos. É muito fácil escolher o dispositivo errado ao instalar o linux.
I would like, if possible, to mount my home folder for Linux as a subdirectory of the D: drive.
Lidar com os dois primeiros passos primeiro, eles não são triviais, então pegue a parte difícil primeiro.