Eu conheço 2 razões para começar. 1 é o mais provável.
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O kernel não carregou o módulo de armazenamento usb.
lsmod
mostrará se está. Se não ...sudo modprobe usb_storage
para adicioná-lo.
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Também pode acontecer quando a fonte de alimentação do USB está com defeito.
Para investigar mais, você pode fazer um ...
strace -o log fdisk -l
e poste os resultados no pastebin (pode ser um log longo).