Sim, se você disser ao instalador para sobrescrever um sistema operacional, ele formatará qualquer coisa relacionada a esse sistema operacional. Então, assumindo o Windows, C :, D :, E: e qualquer outra letra de unidade.
Se o outro sistema operacional for o Ubuntu, ele excluirá todas as partições relacionadas ao sistema operacional.
Se você tiver criado "espaço não alocado" no sistema operacional que você usa agora, você pode usá-lo para "instalar ao lado" e terá o novo sistema operacional junto com outro sistema operacional. Isso não excluirá seu sistema operacional antigo.
Como acontece com qualquer ação que envolva alterar o layout do disco: faça um backup de seus arquivos importantes em qualquer um dos sistemas operacionais. É ainda melhor ter um agendamento de backup regular.