tar por si só não é particularmente eficiente no armazenamento de arquivos pequenos. Ele usa blocos de 512 bytes de tamanho fixo. Os metadados também são armazenados de maneira menos compacta do que no sistema de arquivos. A discrepância que você observa pode ser devida por um número significativo de arquivos pequenos no diretório de aplicativos.
Para atenuar esse efeito, sugiro compactar a saída tar dessa maneira:
tar cvf - apps | gzip -v > /var/run/apps.tgz
Se acontecer de você usar o GNU tar, isso seria:
gtar czvf /var/run/apps.tgz apps