Primeiro, verifique se o arquivo run é executável usando o comando chmod : chmod +x run .
Em seguida, você deve criar um link simbólico usando o comando ln que terá o binário ImageJ (o arquivo denominado run ) como o destino e /usr/local/bin/ImageJ como o destino.
O diretório /usr/local/bin/ provavelmente já está na sua variável PATH ( echo $PATH ).
Quando terminar, use source /etc/profile para atualizar sua sessão bash atual (supondo que você use o bash) e agora você pode digitar ImageJ para iniciá-la de qualquer caminho (veja o pwd comando).
NB: Anote as palavras em negrito, esses são comandos e você pode encontrar mais informações sobre eles usando man assim: man chmod . Divirta-se!