The Cache scripts are vendor provided and we have zero direct access to the tables.
Como é isso? Abra o Caché-Terminal (ou ative e use o telnet) e você pode acessar todos os seus globals usando MUMPS (ou CachéScript, um versão ligeiramente mais chique). Você deve poder armazenar suas próprias rotinas e trabalhar com seus dados da maneira que desejar.
Há pelo menos um outro produto usando MUMPS (= banco de dados e ambiente de programação) que é usado ativamente: GT.M
Adendo:
We use Intersystems Cache to read those flat files into MSQL tables.
Eu acho que você quer dizer Caché SQL, o Caché fornece uma "interface SQL" (SQL-92) para armazenar e acessar dados (usando JDBC, ODBC etc.). Essa é uma maneira estranha de fazer interface com o Caché, mas provavelmente o seu ERP não tem outros meios para fazê-lo.