Eu rastreei o erro usando uma versão fastdebug do java. Parece que uma biblioteca fornecida com o Mathematica causa uma falha na máquina virtual java. Do rastreamento de pilha:
/usr/local/Wolfram/Mathematica/8.0/SystemFiles/Java/Linux - x86 - 64/lib/amd64/libnet.so (Java_sun _net _spi _DefaultProxySelector _getSystemProxy + 0 x2fe)[0 x7fcb30534c1e]
Para minha sorte, a biblioteca é usada de alguma forma para detectar / usar as configurações de proxy do sistema; e eu não uso um proxy. A opção de usar as configurações de proxy do sistema foi ativada por padrão no MMa; Eu habilitei "conexão direta" em vez disso e o programa parece estar funcionando bem. Não é uma correção, mas uma sorte para mim.