Existe um Linux como o Wubi que pode ser instalado em uma partição de 360MB?
Se não precisar de persistência - isto é, precisar que sua instalação do Linux seja consistente entre as inicializações, provavelmente você poderia usar unetbootin para inicializar algo como slitaz ou tinycore - e usar o ntfs-3g para manipular a partição do windows em questão
Existem muitos pequenos Linuxes, existe até uma versão que cabe em um disquete. DSL (Damn Small Linux) seria, em minha opinião ser uma boa solução, é muito pequeno e ainda tem um monte de recursos como um completo e área de trabalho utilizável.
o que exatamente você está tentando realizar? se você precisar executar binários do linux em suas janelas, você pode usar o colinux (executa um kernel Linux no windows) ou o mingw (meio ambiente Linux-ish com todas as ferramentas do bin para windows)