Existe um arquivo boot.local em /etc/init.d. Este arquivo é usado para executar comandos locais durante a inicialização. Você pode adicionar seu comando para desligar a placa discreta para este arquivo.
Eu tenho gráficos híbridos Intel / ATI sem mux. Não consigo instalar o driver fglrx, por causa da compatibilidade com o Xorg. Então eu quero ter VGA discretamente desativado pernamentemente.
Eu digito esse comando após cada inicialização:
echo OFF > /sys/kernel/debug/vgaswitcheroo/switch
Mas é chato, então eu quero que este comando seja executado automaticamente durante a inicialização.