~/.bash_profile é originado apenas pelo bash quando iniciado no modo de login interativo. Isso é tipicamente somente quando você loga no console ( Ctrl + Alt + F1 .. F6 ), ou conectando via ssh.
Quando você fizer login graficamente, ~/.profile será especificamente originado pelo script que inicia o gnome-session (ou qualquer ambiente de desktop que você esteja usando). Portanto, ~/.bash_profile não é originado quando você faz login graficamente.
Quando você abre um terminal, o terminal inicia o modo interativo (sem login), o que significa que ele irá fornecer ~/.bashrc .
O lugar certo para você colocar essas variáveis de ambiente é em ~/.profile , e o efeito deve ser aparente na próxima vez que você fizer login.
A determinação de ~/.bash_profile de ~/.bashrc é a solução errada. É suposto ser o contrário; ~/.bash_profile deve originar ~/.bashrc .
Veja DotFiles para uma explicação mais completa, incluindo um histórico de por que é assim.
(Em uma nota lateral, ao instalar o openjdk via apt, os links simbólicos devem ser configurados pelo pacote, para que você não precise realmente definir JAVA_HOME ou alterar PATH )