Você pode usar o comando dd if=/dev/sda of=/dev/sdb bs=1M
para copiar os dados brutos de uma unidade desmontada para outra. Em seguida, troque as unidades e reinicie. Certifique-se de definir o tamanho do bloco corretamente para evitar uma cópia lenta muito . veja também link
edit: Corrigido o tamanho do bloco no comando de exemplo para ser mais realista para sistemas modernos.