Para garantir dados precisos, você precisa de um sistema operacional em tempo real . O Linux por padrão não é melhor que o Windows, mas o Linux pode ser configurado com um kernel habilitado em tempo real (IIRC).
Para detalhes sobre como escrever tal programa, sugiro que você pergunte no stackoverflow.com.
Agora, na prática, você também obterá resultados razoavelmente precisos no Windows. O agendamento de processos afetará muito pouco os resultados. A maioria dos softwares antivírus é executada no userspace, o que significa que eles estão em igualdade de condições com o seu aplicativo. Sua melhor aposta é tentar e ver.