Depende do programa. Para um procedimento genérico para integrar programas no servidor de terminal, você pode procurar aqui.
O método não oficial é fazer logon como administrador do servidor, acessar as Opções da Internet e definir o cliente de e-mail lá. Isso altera a configuração do registro em HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Clients\Mail e as alterações são herdadas por todos os usuários.