Soa como POP3. Por padrão, o iPhone não exclui mensagens no servidor. Qual cliente de e-mail você está usando no iPhone?
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Parece que a Virgin Media precisa de configurações explícitas para fazer o download de mensagens POP em mais de um dispositivo.
A minha sugestão é que mude para o modo IMAP para o seu email. Instruções aqui .
É uma boa leitura. Cito a versão curta, mas você deve ler o link para todos os detalhes, como "O que é o IMAP" e as novas configurações do IMAP para sua conta específica.
Enabling IMAP
You can retrieve your Virgin Media Mail messages with a client or device that supports >IMAP, like Microsoft Outlook or Windows Mail. To enable IMAP in your Virgin Media Mail account: Sign in to your Virgin Media Mail account. Click Settings at the top of any Virgin Media Mail page. Click Forwarding and POP/IMAP. Select Enable IMAP. Configure your IMAP client and click Save Changes.