Se você quiser procurar por arquivos existentes, você deve fazer isso no Nautilus. Se você quiser acesso rápido aos arquivos que você usou, então a lente Files and Folders é ótima. Talvez, no futuro, haja outra lente para isso, mas pelo menos por enquanto, a lente procura no log do Zeitgeist por eventos de arquivo. Eu acho que é uma coisa boa, porque significa que o sistema aprende com minhas ações ao invés de apenas fornecer uma busca "burra".
Mas acho que, do ponto de vista da usabilidade, os dois tipos de pesquisa devem estar disponíveis no mesmo lugar. É um trabalho em andamento:)