De Princeton WordNet :
S: (n) pagination, folio, page number, paging (the system of numbering pages)
Isso explica toda a coisa. Basicamente: pegue qualquer coisa arbitrariamente longa e divida-a em páginas.
Um arquivo não-paginado, embora eu nunca tenha visto um, seria apenas um fluxo de conteúdo, enquanto um arquivo paginado consistiria obviamente em um número contável de páginas.
Pegue um navegador mostrando uma página HTML como uma analogia: não é propagado. Quando você decide imprimi-lo, ele se torna paginado por causa da maneira como nossas impressoras funcionam e nós, humanos, escolhemos ler nos dias de hoje. A parte complicada do curso é definir onde as páginas devem começar e terminar, e o fato de que, com a paginação, você cria limites lógicos ou físicos que não existiam antes.
Então, novamente, o problema com o trabalho com conteúdo não-paginado é que a maioria dos softwares atuais é baseada em paginação, do Word ao Acrobat. PDF não parece apoiar isso. DjVu pode, embora eu não tenha encontrado uma prova e não tenha experiência com o DjVu em si.