O objetivo de fazer backup de arquivos é evitar a perda do conteúdo desses arquivos se os arquivos dos quais você fez backup estiverem perdidos ou danificados. Fazer o backup de arquivos de programas instalados não dá a você a capacidade de instalar esses programas em outras máquinas - você precisaria fazer o backup dos instaladores para fazer isso.
Se você quiser fazer backup da instalação de programas em uma máquina, será necessário usar um programa de backup capaz de fazer o backup de toda a instalação. O Acronis Backup and Restore, por exemplo, pode fazer isso. Fazer backup apenas de arquivos não faz isso.