Vacuuming recria o arquivo db do arquivo existente e, como tal, precisa de espaço extra em disco para ser executado. Também leva algum tempo para isso e requer um bloqueio para manter as coisas consistentes.
Assim, as pessoas optaram por não ter que lidar com os problemas de bloqueio e espaço e deixar o banco de dados crescer, esperando que ele não cresça demais.
Você pode fazer um auto_vacuum que não limpa o máximo em exclusões, mas não bloqueia o DB para qualquer momento também.