Eu sei que este post é antigo, mas como ninguém respondeu, vou tentar. Como você está falando do Internet Explorer e da intranet, presumo que também esteja usando o Active Directory.
Até onde eu sei, não há configuração no Internet Explorer que configure isso. Se você tiver o controle do servidor, poderá alterar as configurações no IIS para permitir a autenticação do Windows. Então, dependendo exatamente do que você está tentando fazer, você precisará fazer alguma programação no aplicativo para ler as informações do Active Directory. Além disso, você precisará garantir que a URL do aplicativo de intranet não tenha pontos (.), Pois a autenticação automática não será aplicada.