O IIRC Linux instalado via wubi não roda em cima das janelas, apenas roda de um arquivo de "disco virtual" no sistema de arquivos do Windows. Portanto, você não verá nenhuma degradação no desempenho, como o impacto no desempenho de E / S comum a algumas soluções de virtualização.
Haverá um ligeiro acerto se todos os arquivos vdisk tiverem que passar por uma camada extra de sistema de arquivos, e os arquivos vdisk poderão ser fragmentados, assim como o conteúdo, mas para muitos padrões de E / S você não irá particularmente observe isso.
Portanto, o Windows em uma VM executando o Linux inicializado a partir de uma instalação baseada em wubi provavelmente será executado de forma muito semelhante, assim como se o Linux fosse instalado em suas próprias partições físicas. Se você notar qualquer queda de desempenho inesperada, ou se você acabar querendo remover completamente o sistema operacional Windows, é possível migrar uma instalação do wbui para direcionar partições físicas.