A maioria, senão todas as personalizações, terá acontecido na pasta / etc. Basicamente o que você vai querer fazer é instalar todos os pacotes adicionais como você mencionou, então compare os dois diretórios / etc (seu laptop e a máquina virtual). Pode haver alguns outros lugares que são tocados, como / usr / etc, mas aposto que isso vai te levar até lá.
Você pode usar a ferramenta diff , ou talvez uma ferramenta de SCM como mercurial , git ou Perforce para ajudar a identificar as alterações.