Se você digitar Start>Run>cmd e abrir em uma caixa normal, a resposta certamente não será. O programa está chamando a caixa de comando sozinho e no modo de tela inteira. Você não poderá alterar o código do programa. Eu também não conheço nenhuma maneira de inibir a execução do cmd em tela cheia.
Se você iniciar > Executar > cmd e ele for aberto em tela cheia, então é algo no seu registro e podemos atacar isso se você postar de volta.