Não há diferença entre os arquivos na pasta de mídia do iTunes e seus originais.
O iTunes pode usar arquivos originais em qualquer diretório que você queira ou pode colocá-los e organizá-los em sua própria pasta.
a escolha de qual fazer é no iTunes - > Preferências - > Avançado a opção é "Manter a pasta iTunes Media organizada". Se escolhido, os arquivos serão copiados para o iTunes Media