chroot não altera magicamente o kernel em execução ou inicia um novo. Ele só muda a quantidade de programas "chrooted" do sistema de arquivos, mas eles ainda rodam dentro do mesmo kernel. Como os executáveis ELF do Linux não podem ser executados diretamente no Windows, chroot não funcionará.
Você pode baixar seus pacotes do link para o disco e instalá-los usando pacman -U .