Você já tentou a meta limpar ?
make clean
Acabei de executar make xy com o usuário errado (root). Se eu tentar executar make xy com o usuário correto (não raiz), obtenho alguns erros: o arquivo z já existe, etc. Um sudo make xy não tem efeito. Como posso "reverter" uma marca para excluir todos esses arquivos e criar um campo "inocente".