Você pode remover uma biblioteca clicando com o botão direito do mouse em uma delas e clicando em "Excluir". Se você quiser manter um deles, clique em "Não mostrar no painel de navegação". Para remover favoritos, clique com o botão direito e clique em "Remover". Remover unidades montadas na barra lateral não é possível, remover cabeçalhos também não é possível. (Talvez seja possível alterando os valores do registro, mas eu não sei sobre isso.)