Você pode fazer isso com o ffmpeg. Tente uma linha de comando assim:
ffmpeg -i <input_filename> -f <container> -vcodec copy -acodec libmp3lame -ar 44100 -ab 128k -ac 2 <output_filename>
Substitua a tag < > coisas com os nomes de arquivos e containers que você está usando. Observe que isso fará o downmix surround para o áudio de 2 canais.