Dê uma olhada no BIOS nas opções PC Health / Monitoring / similar.
Geralmente, há a capacidade de controlar a temperatura e a velocidade desejadas quando você alcança isso - ou apenas a velocidade máxima.
Além disso, estou supondo que seu ventilador e placa-mãe tenham a quantidade correta de pinos - é possível perder um pino / ter um ventilador não inteligente que fica a 100% o tempo todo.
Se você não vê nenhuma opção, ou ela já está definida como a mais baixa, é possível que quando você substituiu a placa-mãe, você não tenha colocado composto térmico suficiente - então você pode querer verificar isso ... ou é possível que não seja configurável na sua placa.