Você precisará do RewriteCond de referências anteriores. Consulte o manual para obter detalhes.
Aproximadamente (mas não tenho como testá-lo no momento):
RewriteCond %{REQUEST_URI MINUS} ^/node(.*)
RewriteCond /var/www/mydomain.xyz/sites/mydomain.xyz/files/%1 -f
...
A %1 é uma referência anterior de RewriteCond , em oposição a uma referência anterior RewriteRule (que seria $1 )