Se o teclado e o mouse não estiverem respondendo, algum driver estará ocupando o tempo da CPU no modo kernel.
Veja minha resposta para Etapas para solucionar problemas de um problema com o alto DPC , que detalha as idéias envolvidas.
Vai ser algum driver, o problema é qual.
Já ouvi falar de drivers de placa de vídeo em um laptop verificando periodicamente se um monitor está conectado e bloqueando todo o sistema como faz.