O FFmpeg usa o protocolo de arquivo para um recurso se um protocolo não for especificado. Como o seu recurso de entrada (192.168.1.9:65444) não tem nenhum protocolo anexado, ele está sendo tratado como um nome de arquivo.
Descubra em qual protocolo o VLC está transmitindo e reformate seu recurso de entrada para se parecer com a especificação dada na lista de protocolos do FFmpeg . Provavelmente será algo como
ffmpeg -i protocol://192.168.1.9:65444 output.mpg