O disco rígido pode estar funcionando devido à indexação do Spotlight ou a outros processos em segundo plano. Não é muito para se preocupar normalmente, a menos que haja processos que deram errado.
Quanto ao sistema de bloqueio 'sem motivo', isso acontece com mais freqüência quando o sistema operacional troca a memória para o disco. Você pode usar o iStat Pro para ver se isso acontece, verificando se os travamentos correspondem ao Swap crescendo em tamanho.
Falha no HDD também é uma possibilidade, e como @NoCarrier mencionou, pegue o SMARTReporter e veja se você tem algum erro.
Nenhum dos itens acima parece ajudar, abra o Console.app (Aplicativos > Utilitários) e dê uma olhada, ou cole aqui, alguns registros aparecendo quando seu sistema trava.