Esse problema parece ser causado pelo Keymap do Eclipse no IDEA, isso não acontece se você escolher outro mapa de teclas. Por favor, veja link .
Também encontrei uma solução alternativa para esse problema, que é muito simples:
Open Settings | Keymap, press Copy button to create an editable copy of the Eclipse keymap, in the copy find "Show Context Menu" action in the Other group, it has multiple shortcuts defined, delete "Button3 Click" from the list of shortcuts, press Apply. Context menu will no longer disappear after right click.