Use a opção -j
( j unk o nome do caminho) se você quiser direcionar a raiz do zip; para direcionar um subdiretório, você precisará organizar seu diretório atual de forma que o caminho relativo dele para o arquivo corresponda ao caminho relativo dentro do arquivo zip. Algo parecido com isto:
mkdir res
cp $DESKTOP/info.txt res
zip -u data.zip res/info.txt
rm -rf res