A maioria dos scanners de código de barras destinados a ser usados com PCs conectam-se e agem como teclados. Eles fornecem as informações digitalizadas como se tivessem sido digitadas em um teclado por um usuário.
Portanto, é provável que não exista uma "porta usada pelo scanner" e não fará diferença para esse propósito o scanner escolhido - você pode criar um aplicativo simples que aceite entrada do usuário e armazene-o no banco de dados.
Você vai querer ter certeza de que o scanner de código de barras pode ler os códigos de barras que você está trabalhando, e certifique-se que a distância do código de barras e velocidade de digitalização são adequados para a sua aplicação.