Após uma discussão com David Foerster, eu li este apt- get: Não há espaço no dispositivo (12.04) e descobri que os inodes estão com 1% de espaço livre. Você pode verificar isso usando:
df -ih /usr/src
e meu resultado foi:
Filesystem Inodes IUsed IFree IUse% Mounted on /dev/sda6 550K 540K 11K 99% /
Antes de me deparar com este problema, encontrei esta questão Não há disco livre suficiente espaço ao atualizar e usou-o para liberar espaço na minha partição do Ubuntu, mas não liberou espaço no inodes. Então, usando a pergunta acima apt-get: Não há espaço disponível no dispositivo (12.04) Eu fiz isso e agora meu problema está resolvido.
De agora em diante, vou liberar espaço usando Não há espaço livre em disco suficiente quando atualizando e este apt-get: Sem espaço deixado no dispositivo (12.04) para evitar esse tipo de problema.