Sendo o detetive que sou (não), é evidente que este telefone é a causa. Provavelmente não é inteiramente responsável pelos vírus (embora não seja difícil lançar um ataque enquanto o conecta), e é bem possível que o telefone tenha sobrecarregado a porta USB com energia. Eu tenho um iPod falso em Hong Kong que vem com um carregador de parede USB que eu conecto meu ventilador de laptop, e a coisa não gira mais. É por isso que eu compro coisas caras agora com o sacrifício de minhas esperanças de conseguir um novo casaco.
Tente inicializar em um LiveCD do Ubuntu. Isso funciona lá? Se isso acontecer, então é software. Caso contrário, é um problema de hardware.
O mouse e o teclado funcionam em outros computadores? Se o fizerem, é um problema com os hubs e, possivelmente, a placa-mãe.