Eu sou o autor de hobocopy.
O Hobocopy tem uma opção / skipdenied, o que fará com que ele pule arquivos que ele não consegue copiar devido a problemas de permissão. Isso resulta em um backup parcial, mas para o seu cenário que ainda pode ser suficiente.
Mas se você encontrar erros ao tentar copiar arquivos, envie uma mensagem para [email protected] com detalhes e veremos se posso corrigi-los. Sempre interessado em melhorar.