Parece que é feito com camadas, com eventos de mouse controlando a visibilidade e cores da camada. A barra de menu provavelmente está em uma página mestra, portanto, é potencialmente visível em todas as páginas. O autor usou o InDesign CS4, que parece estar disponível em uma base de download de teste.
Esta página descreve a adição de camadas no Acrobat 9 e esta página fala sobre páginas mestras e camadas no InDesign. Não encontrei um exemplo que criasse especificamente um menu como o do seu pdf.