Você poderia estar ficando sem RAM? Você pode verificar isso no Activity Monitor também. Se você está com falta de memória RAM, a memória pode estar sendo paginada para dentro e para fora (em disco), tornando as coisas mais lentas. A solução é instalar mais RAM ou executar menos programas de cada vez - você está executando muitos quando as coisas ficam lentas?
Se não for RAM, pode ser que um programa em particular esteja fazendo muita leitura e escrita - intencionalmente (por exemplo, o Photoshop costumava usar um disco de trabalho - não sei se ainda funciona) ou não intencionalmente (por exemplo tentando ler e reler um arquivo de configurações corrompido). Existe um programa específico que está sempre em execução quando você tem problemas?