Você testou todas as portas? Tem certeza de que não há um problema com um cabo da caixa de junção até o punchdown?
Você realmente precisa isolar uma peça de cada vez para um problema de fiação como este. Pense na configuração em componentes individuais:
Modem
Cable from Modem to Junction box
Junction box
Cable in wall
Jack/Punchdown at other end
Cable from there to phone
Phone
Você já sabe que as duas primeiras partes estão corretas com base na sua descrição da pergunta original. Você pode comprar um testador cat5 bem barato (US $ 30-100) e pode valer a pena se você possui uma casa conectada à ethernet para ter seu próprio equipamento de teste.
Além disso, que tipo de telefone você está usando?