O python que você instalou manualmente acabou em /usr/local , que é o diretório dos programas instalados manualmente. Como /usr/local/bin geralmente está no caminho de pesquisa do programa antes de /usr/bin (que é onde a maioria dos executáveis fornecidos pela distribuição são), quando você executa python , ele executa /usr/local/bin/python .
Para remover o python instalado manualmente, remova pelo menos /usr/local/bin/python (ou renomeie-o para python2.5 , se ainda não for um link simbólico para python2.5 ). Se você não estiver usando a instalação 2.5, remova todos os seus bits em /usr/local : /usr/local/lib/python2.5 e provavelmente outros, como /usr/local/man/man1/python* .