Acontece que o script Mac4Lin (de link ) foi o culpado.
Eu apenas executei o desinstalador e ele removeu as miniaturas ... depois disso, o Gnome foi quebrado, então tive que remover todos os itens a seguir para redefinir o Gnome para os valores padrão:
.gnome2
.gconf
.gconfd
.gnupg
.gnome2-private