Parece que o Evom deve fazer o que você precisa. Aqui está uma postagem útil do thriftmac sobre aplicativos de conversão de vídeo para Mac: link
Além da última versão (0.0.9y) do ffmpegx , existe algum outro codificador flv livre que vale a pena tentar?
Handbrake funciona bem para converter FLV para MP4 ou qualquer outro formato que você deseje. O Handbrake é normalmente usado para converter DVDs copiados em outros formatos, mas também pode ser usado para converter FLVs.
Não há muito disponível para o Mac, infelizmente.
Uma vez que um software que vi alguém mencionar foi o Prism (ainda não tentei)
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