Isso parece ser um problema de todo o sistema, não causado diretamente pelos pacotes do gnome. Na verdade, notei pela primeira vez com o mousepad (parte do xfce wm) após a atualização do sistema Linux Mint 18.1. O Gedit também foi afetado pela mesma atualização.
Apenas mencionando isso, já que o bug do gedit mencionado acima diz respeito a uma versão mais recente do Ubuntu.
Independentemente da versão, você deve primeiro verificar as preferências ocultas do gedit com o dconf (ou dconf-editor) aqui: org.gnome.gedit.preferences.ui.max-recents
exemplo lendo valor max-recents usando dconf:
dconf read /org/gnome/gedit/preferences/ui/max-recents
você também pode alterar o mesmo valor, ex .:
dconf write /org/gnome/gedit/preferences/ui/max-recents "uint32 40"