Você não pode excluir esta pasta. É o cache de montagem.
Do TFA:
The Winsxs folder, stores multiple copies of dll's in order to let multiple applications run in Windows without any compatibility problem.
Link é: link
EDITAR: compcln.exe , parte do Vista SP2, permite que você remova arquivos RTM e SP1 do cache, mas não permitirá que você faça a reversão para uma versão anterior, se você quisesse. A ferramenta Service Pack Clean-up é uma substituição do Vsp1cln.exe do Vista SP1 que fez praticamente a mesma coisa. Veja mais aqui .