Se o disco rígido permanecer conectado a um computador ou outro e compartilhado pela rede para uso de outro computador, use o melhor sistema de arquivos para esse computador (NTFS for Windows, HFS + para Mac).
Se você for mudar para qual computador a unidade está conectada, use o NTFS. O driver NTFS-3G para MacFUSE é bastante maduro e, sem o Boot Camp, você terá dificuldades para fazer com que o Windows reconheça os sistemas de arquivos HFS +.