Tente selecionar um arquivo que esteja causando problemas e clique com o botão direito no Finder, depois selecione Get Info . Na janela pop-up, veja se a opção Locked está marcada e tente desmarcá-la (pode ser necessária autenticação).
Observe que, mesmo que as permissões POSIX sejam as mesmas, os arquivos podem ter diferentes ACLs que tenham precedência. Você pode ver o que eles estão abrindo uma janela do Terminal ( Applications > Utilities ), navegando até a pasta que contém alguns dos arquivos problemáticos e digitando ls -le . Poste essa saída aqui se as primeiras sugestões não ajudarem.